L’objectif de ces posts dédiés aux biostatistiques est de rappeller les principes de bases des analyses biostatistiques et de les tester en pratique sur le logiciel gratuit JAMOVI.
Le but est de vous permettre, à terme, d’être plus à l’aise dans la conduite de vos études et d’être plus critique vis à vis de la littérature scientifique.
Quelques pré-requis
La biostatistique est la statistique adaptée au sciences biomédicales et donc au “vivant”, qui prend en considération la notion de “variabilité”.
La variabilité peut -être due:
-erreurs de mesure
-variabilité inter-observateur (entre deux indivudus, comme la couleur des yeux)
-variabilité intra-observateur (chez le même individu, comme le poids avant et après un régime).
Toujours 2 étapes:
D’abord L’étude descriptive: on va décrire notre population étudiée, pour mieux la comprendre, sans la dénaturée.
Ensuite L’étude analytique: on va chercher à expliquer, à éprouver notre hypothèse de base.
Les types de variables
Il existe deux types de variables: qualitatives et quantitatives.
Variable qualitative
Pour les variables qualitatives (exemples: sexe F/H; niveau d’éducation Primaire/Secondaire/Tertiaire), on exprime la variable selon l’effectif de la modalité (F/H) et son pourcentage.
Les variables qualitatives sont exprimées en effectif et pourcentage.
Variable quantitative
à distribution normale ou asymétrique
Les variables quantitatives (âge, durée d’hospitalisation, taux d’hémoglobine…) sont exprimés par un paramètre de position (moyenne ou médiane) et un paramètre de dispersion (écart-type ou quartiles) selon la “normalité” de la variable.
On doit d’abord vérifier la “normalité” de la variable, car elle va conditionner le type de test à utiliser.
Une variable quantitative est dite “normale”, si:
La majorité des valeurs se distribue autour d’une valeur centrale (moyenne est proche de la médiane)
L’écart-type (reflète la dispersion) est beaucoup plus petit que la moyenne
L’histogramme: la courbe est en cloche “de Gauss” : distribution normale
Si la variable quantitative est à distribution normale, on l’exprime en moyenne et écart-type.
Si la variable quantitative est à distribution asymétrique, on l’exprime en médiane et quartiles.
Voilà pour la théorie.
Voyons, maintenant, une application en pratique sur JAMOVI.
En pratique, sur JAMOVI
Pour commencer (voir le précédent post)
Etape1. Installer le logiciel sur votre ordinateur.
Etape 2. Importer vos données.
Etape 3. Assurez-vous que toutes la variables soient dans la bonne catégorie.
L’étude descriptive de variables quantitatives
Dans cet exemple, les variables quantitatives sont age et dds (durée de séjour).
A noter que la case «frequency table» ne doit pas être cocher pour les variables quantitatives. En effet, on ne cherche pas à calculer les fréquences et pourcentages ici.
Pour obtenir la courbe de distribution de la variable, cliquez sur Plot puis histogramme.
Si la variable quantitative est à distribution normale, on l’exprime en moyenne et écart-type.
Si la variable quantitative est à distribution asymétrique, on l’exprime en médiane et quartiles.
Dans notre exemple, vous remarquerez que l’âge :
a une moyenne proche de sa médiane (44,2 vs 44)
L’écart-type est inférieur à la moyenne (16,1 << 44,2)
L’histogramme est en cloche
Il s’agit donc, d’une variable quantitative à distribution normale.
On exprimera donc l’âge en moyenne et écart-type.
ça donne: L’âge moyen de notre population est de 44,2±16,1 ans.
Pour la durée de séjour:
La moyenne est différente de la médiane (5,42 vs 4)
L’écart-type est proche de la moyenne (3,89 et 5,42)
Et son histogramme (non visible dans l’exemple) n’est pas en cloche.
Il s’agit donc, d’une variable quantitative à distribution asymétrique. Donc, on exprimera la durée de séjour en médiane et interquartiles.
Ce qui donne: La durée de séjour à une médiane de 4 jours (Q1:3; Q3:7).
L’étude descriptive de variables qualitatives
Dans cet exemple, les variables qualitatives à étudier sont le sexe(féminin/masculin) et l’évolution (survivant/décédé).
On dira donc, que 35,1% de notre population étudiée est féminine. 37 personnes (64,9%) sont décédées.
Merci à l’équipe du LBRCE et notamment au Pr Redouane Abouqal de m’avoir fait connaître JAMOVI et Pr Rachid Razine d’avoir partager la base de données et au Dr Abbas Emilio pour les captures d’écrans.
Voilà pour aujourd’hui, j’espère que cela vous sera utile. N’hésitez pas à me faire part de vos questions ou commentaires.
Ihsane
merci bcp pour l’effort
Avec plaisir!
Les explications sont claires , merci pour tout ce travail, cela aide beaucoup!
Contente que cela vous soit utile 🙂